Đền Yasukuni trước đây có tên là Đông Kinh Chiêu Hồn xã (東京招魂社, Tōkyō Shōkonsha) được xây dựng vào tháng 6 năm 1869 theo yêu cầu của Thiên hoàng Minh Trị để vinh danh những người lính đã chiến đấu và hi sinh cho công cuộc cải cách Duy tân[3] và sự nghiệp lật đổ Mạc phủ. Vào năm 1879, ngôi đền được đặt lại tên Yasukuni Jinja vốn dĩ sau đó trở thành một trong những biểu tượng đặc biệt cho Thần đạo Nhật Bản, và là một trong những nơi linh thiêng được lựa chọn cho việc thờ phụng những chiến sĩ hi sinh cho nước Nhật.

Trong những năm 1890, Huấn lệnh về Giáo dục của Đế chế (The Imperial Rescript on Education) đã được thông qua, theo đó sinh viên được yêu cầu đọc nghi thức lời tuyên thệ hiến dâng cho Tổ quốc cũng như bảo vệ Thiên hoàng. Sự hiến dâng cao cả nhất là hy sinh tính mạng khi chiến đấu vì Nhật Bản và Hoàng đế, họ sẽ trở thành các "linh hồn bảo vệ” (Kami) cho tổ quốc. Nhiều người Nhật thời đó cảm thấy được thờ tại đền thờ Yasukuni là một vinh dự đặc biệt, bởi vì các Thiên hoàng cứ 2 lần một năm sẽ đến thăm đền thờ để tỏ lòng kính trọng. Yasukuni là ngôi đền duy nhất tôn thờ những người bình thường, mà các Thiên hoàng sẽ tới thăm để tỏ sự kính trọng của mình.